Family Vespertilionidae
 
Myotis Kaup, 1829
 
  Myotis bechsteini (Leisler in Kuhl, 1818) (N, S)
  Myotis blythi (Tomes, 1857) (*)
        Myotis blythi oxygnathus (Monticelli, 1885) (N, S, Si)
        Myotis blythi punicus Felten, 1977 (Sa)
  Myotis brandti (Eversmann, 1845) (N) (*)
  Myotis capaccinii (Bonaparte, 1837) (N, S, Si, Sa)
  Myotis dasycneme (Boie, 1825) (N)
  Myotis daubentoni (Leisler in Kuhl, 1819) (N, S, Si, Sa)
  Myotis emarginatus (Geoffroy E., 1806) (N, S, Si, Sa)
  Myotis myotis (Borkhausen, 1797) (N, S, Si, Sa)
  Myotis mystacinus (Leisler in Kuhl, 1819) (N, S, Si, Sa) (*)
  Myotis nattereri (Kuhl, 1818) (N, S, Si)
 
Pipistrellus Kaup, 1829
 
  Pipistrellus kuhli (Natterer in Kuhl, 1819) (N, S, Si, Sa)
  Pipistrellus nathusii (Keyserling & Blasius, 1839) (N, S)
  Pipistrellus pipistrellus (Schreber, 1774) (N, S, Si, Sa)
 
Nyctalus Bowdich, 1825
 
  Nyctalus lasiopterus (Schreber, 1780) (N, S, Si)
  Nyctalus leisleri (Kuhl, 1818) (N, S)
  Nyctalus noctula (Schreber, 1774) (N, S) (*)
 
Hypsugo Kolenati, 1856
 
  Hypsugo savii (Bonaparte, 1837) (N, S, Si, Sa)
 
Eptesicus Rafinesque, 1820
 
  Eptesicus nilssoni (Keyserling & Blasius, 1839) (N)
  Eptesicus serotinus (Schreber, 1774) (N, S, Si, Sa)
 
Vespertilio Linnaeus, 1758
 
  Vespertilio murinus Linnaeus, 1758 (N)
 
Barbastella Gray, 1821
 
  Barbastella barbastellus (Schreber, 1774) (N, S, Si, Sa)
 
Plecotus Geoffroy E., 1818
 
  Plecotus auritus (Linnaeus, 1758) (N, S, Sa)
  Plecotus austriacus (Fischer, 1829) (N, S)
 
Miniopterus Bonaparte, 1837
 
  Miniopterus schreibersi (Natterer in Kuhl, 1819) (S, Si, Sa)
 
 
Note
 
Myotis blythi: Secondo alcuni autori in Sardegna la subsp. presente sarebbe omari (Thomas, 1906), propria anche del Vicino e Medio Oriente.
Myotis brandti: Distribuzione indicativa, potendo essere confusa con M. mystacinus.
Myotis mystacinus: Distribuzione indicativa, potendo essere confusa con M. brandti.
Nyctalus noctula: La presenza in Sicilia e Sardegna è incerta.

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